Djelatnost Fonda je prikupljanje i distribucija financijskih sredstava za zaštitu okoliša na teritoriji županije/kantona, poticanje i financiranje pripreme, provedbe i razvoja programa, projekata i sličnih aktivnosti u području očuvanja, održivog korištenja, zaštite i unapređenja stanja okoliša i korištenja obnovljenih izvora energije, posebno:
1) stručne i druge poslove u svezi s pribavljanjem, upravljanjem i korištenjem sredstava Fonda;
2) posredovanje u svezi s financiranjem zaštite okoliša iz sredstava stranih država, međunarodnih financijskih institucija i tijela te domaćih i stranih pravnih i fizičkih osoba;
3) pružanje stručnih usluga u svezi s financiranjem zaštite okoliša;
4) vođenje baze podataka o programima, projektima i sličnim aktivnostima u području zaštite okoliša, te potrebnim i raspoloživim financijskim sredstvima za njihovo ostvarivanje;

5) poticanje, uspostavljanje i ostvarivanje suradnje s međunarodnim i domaćim financijskim institucijama i drugim pravnim i fizičkim osobama radi financiranja zaštite okoliša, planovima zaštite okoliša donesenim na temelju Strategije, međunarodnim ugovorima čija je članica Bosna i Hercegovina te drugim programima i aktima u području zaštite okoliša;
6) obavlja i druge poslove u vezi s poticajem i financiranjem zaštite okoliša utvrđenih Zakonom.
(2) Sredstva prikupljena prema stavku 1. ovoga članka, koriste se za namjene utvrđene u Zakonu.
(3) Sukladno Odluci o klasifikaciji djelatnosti BIH (“Službeni glasnik BIH”, broj 47/10) djelatnost Fonda je razvrstana pod šifrom djelatnosti: 84.12 – javnih subjekata koji pružaju zdravstvenu zaštitu, usluge u proizvodnji i kulturi i druge društvene usluge, osim obveznog socijalnog osiguranja.

Fond je u pravilu dužan nadležnim tijelima te pravnim i fizičkim osobama, pod jednakim uvjetima, osigurati pristup podacima sa kojima raspolaže Fond u obavljanju svoje djelatnosti, osim u slučajevima službene, poslovne ili naučne tajne.